Un documento del Obispo Don Pedro de Librana, datado con fecha 30/Junio/1118 en el que se puede leer textualmente la orden de que se construyera en la propia Yafaria una iglesia para la veneración a Dios, a la Santa María a San Martín y a San Nicolás. Desde 1212 también se venera a San Licer patrón de la localidad .Este documento vendría a constatar que esta iglesia sería una de las primeras de estilo mudejar, pues hasta la fecha no se ha datado ninguna iglesia mudéjar anterior al siglo XIII.
Las continuas transformaciones que se han producido en el transcurso del tiempo y un incendio han hecho que la iglesia tan solo conserve del mudejar los muros perimetrales que no es aventurado indicar que fueron construidos por alarifes musulmanes.
La torre fué destruida por un rayo en el siglo XIX y fue reconstruida en los años 90 como se puede apreciar con un estilo Neogótico.
En una de las últimas reformas es ha encontrado una puerta monumental con cuatro arcos abocinados, que indicaría que en otro momento la puerta principal se encontraba en la plaza de la iglesia, desde donde estas jóvenes observan la iglesia.
En esta plaza es donde actualmente se reparten los ramos de olivo el Domingo de Pascua, una vez bendecidos y comienza la procesión que en otro tiempo recorría las calles principales, y en la actualidad rodea la iglesia.
También el día de Corpus Cristi se pone el último altar que en el año 2011 fue dedicado a una asociación de ayuda a la infancia.
